Na maioria das organizações o BizTalk Server processa dados críticos o que faz dele uma parte importante nas suas infra-estruturas, isto significa que a perda de dados ou tempo de inactividade da plataforma BizTalk pode ter um impacto significativo sobre o negócio que ele suporta. Como qualquer componente ou serviço crítico, ele deve ser administrado e monitorizado por técnicos que possuem o conhecimento e a experiência necessária. No entanto, a maioria dos administradores de sistema não está familiarizada com esta plataforma, o que pode dificultar o correcto funcionamento da plataforma e, como resultado, da própria organização.
A infra-estrutura da plataforma BizTalk Server pode variar de organização para organização, desde a utilização de um único servidor (estação standalone) ou plataformas robustas com a utilização de clusters de servidores BizTalk Server e SQL Server.
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